Do pośpiesznie procedowanej w komisjach sejmowych ustawy o powołaniu Agencji Badań Medycznych część posłów i organizacji społecznych zgłaszała wiele zastrzeżeń. Te uwagi nie zostały uwzględnione przez Ministerstwo Zdrowia, ani przez ustawodawcę, co budzi rozczarowanie wśród środowisk krytykujących przyjęte rozstrzygnięcia. Wątpliwości dotyczyły m.in. finansowania badań ze środków NFZ, które powinny być przeznaczone wyłącznie na ochronę zdrowia, współpracy z innymi ośrodkami naukowo-badawczymi i przenikania się kompetencji.
Pomimo tych zarzutów, Sejm uchwalił 21 lutego rządową ustawę o powołaniu Agencji Badań Medycznych. Ministerstwo Zdrowia, które przygotowało projekt, podkreśla, że powstanie Agencji jest uzasadnione niesatysfakcjonującym poziomem finansowania badań naukowych w dziedzinie nauk medycznych i nauk o zdrowiu oraz koniecznością zapewnienia instytucjonalnego wsparcia dla finansowania analiz i badań. Do jej zadań będzie należeć m.in. organizacja niekomercyjnych badań klinicznych, prowadzenie analiz i inicjowanie rozwoju nauk medycznych. Agencja ma być wyspecjalizowaną jednostką zrzeszającą krajowych i zagranicznych ekspertów, którzy będą pracować nad innowacyjnością polskiej medycyny.
Zgodnie z ustawą Agencja Badań Medycznych m być odpowiedzialna za tworzenie i zarządzanie programami, na podstawie których będą finansowane projekty badawcze lub rozwojowe dotyczące nauk medycznych i nauk o zdrowiu, w tym projekty interdyscyplinarne. ABM ma zajmować się upowszechnianiem informacji o planowanych lub ogłaszanych konkursach oraz oceną wniosków i zawieraniem umów z beneficjentami wyłonionymi w konkursach. Będzie także nadzorować i kontrolować realizację projektów badawczych lub rozwojowych, prowadzić własne badania naukowe i prace rozwojowe. Rolą ABM będzie też wspieranie przedsiębiorstw w prowadzeniu i rozwijaniu działalności innowacyjnej w dziedzinie nauk medycznych i nauk o zdrowiu.
Agencja będzie finansowana z budżetu państwa i z odpisu z Narodowego Funduszu Zdrowia, stanowiącego 0,3 proc. jego przychodów. ABM będzie także pozyskiwać pieniądze z Unii Europejskiej i z międzynarodowych programów badawczych.
